4to Simposio Internacional de Bioinformática Morelos 2019

Dr. Alejandro Sánchez Flores

UNAM-IBT México

Es Licenciado en Investigación Biomédica Básica, (IIB-UNAM, 2001); cuenta con un Doctorado en Ciencias Bioquímicas, (IBT-UNAM, 2007) con especialidad en Bioinformática. Realizó una estancia postdoctoral en el proyecto del genoma de Taenia solium, (UNAM, 2007-2008), y otra en el Wellcome Trust Sanger Institute (Cambridge, UK 2009-2011) en el grupo del Dr. Matt Berriman, con especialidad en parásitos de enfermedades tropicales "olvidadas".

Pertenece al Sistema Nacional de Investigadores (Nivel 2) y también al Sistema Estatal de Investigadores en Morelos (miembro honorario)

Actualmente es Investigador Asociado nivel C de Tiempo Completo en el Instituto de Biotecnología de la UNAM y es el jefe de la Unidad Universitaria de Secuenciación Masiva y Bioinformática (UUSMB), la cual es parte del Laboratorio Nacional de Apoyo Tecnológico a las Ciencias Genómicas (LN-ATCG) del programa de laboratorios nacionales del CONACyT. Se especializó en tecnologías de Secuenciación masiva de DNA también conocidas por el término en ingles de "DNA Next-Generation sequencing", así como en el análisis bioinformático relacionado a ellas. Ha participado en varios y diversos proyectos genómicos en los cuales no solo ha empleado las tecnologías y herramientas más recientes en el área, sino también ha participado en el desarrollo de nuevas técnicas y herramientas Bioinformáticas. Sus intereses de Investigación se centran en la Genómica y sus aplicaciones en diferentes áreas tanto en el sector académico como en la industria privada.

Titus Brown

University of California

Titus Brown received his BA in Math from Reed College in 1997, and his PhD in Developmental Biology at Caltech in 2006. He has worked in digital evolution, climate measurements, molecular and evolutionary developmental biology, and both regulatory genomics and transcriptomics. His current focus is on using novel computer science data structures and algorithms to explore big sequencing data sets from metagenomics and transcriptomics.

Jesús Martínez Barnetche

INSP

Ciudad de México (1971). Estudió Medicina en la UNAM (1990-1997). Investigador visitante en la Universidad de Yale/HHMI (1996-1997). Doctor en Ciencias Biomédicas, UNAM (2003). Desde 1998 pertenece al CISEI-INSP, investigando la respuesta inmune a nivel genómico estructural y funcional en vertebrados y en insectos vectores. Su principal interés es la biología de linfocitos B, particularmente la heterogeneidad de su respuesta, su capacidad protectora contra ciertos patógenos, pero no otros y como este conocimiento puede llevarnos a el desarrollo de mejores vacunas e inmunoterapias. Para ello, su grupo de investigación ha desarrollado estrategias basadas en biología molecular, ingeniería genética, NGS de repertorios de anticuerpos (Rep-Seq), transcriptómica (RNA-sea) y análisis bioinformático. Cuenta con 42 publicaciones en revistas internacionales, y cinco capítulos de libro. Ha dirigido 6 Tesis de posgrado y 5 de Licenciatura. Investigador Nacional Nivel II (2018-2022), miembro de la Academia Mexicana de Ciencias (2014-), del grupo consultor de ciencia básica y tecnología de Malaria Erradication Research Agenda (malERA) y ex-secretario/Tesorero de la Sociedad Mexicana de Inmunología (2012-2014). Por sus trabajos de investigación recibió los Premios Nacionales de Investigación Dr. Jorge Rosenkranz (2001), Fundación GSK 2010 y 2015, CANIFARMA 2013, y el Reconocimiento al Merito Estatal de Investigación 2015, Morelos.

Lorenzo Segovia

IBT

El Dr. Segovia realizo sus estudios de Licenciatura, Maestría y Doctorado en Investigación Biomédica Básica en la Universidad Nacional Autónoma de México obteniendo su grado de Doctor en el año 1990. Posteriormente realizo una estancia Posdoctoral en la sección de estructura y función Molecular del National Eye Institute de los Institutos Nacionales de Salud de los Estados Unidos. Se contrato como Investigador Asociado C del Departamento de Genética Molecular del Centro de Investigación sobre Fijación de Nitrógeno de la UNAM en Enero de 1991 y posteriormente, en 1994, se incorporo al Instituto de Biotecnología de la UNAM donde dirige un grupo de investigación hasta la fecha.

Pablo Vinuesa

CCG

El Dr. Pablo Vinuesa es Investigador Titular del Centro de Ciencias Genómicas de la UNAM, campus Cuernavaca. Sus líneas de investigación actuales se centran en el análisis genómico y funcional de diversas Gammaproteobacterias diseñados para dilucidar los mecanismos evolutivos e identificar los loci genómicos que subyacen a la emergencia de patógenos oportunistas multidrogo-resistentes a partir de microbios ambientales. El Dr. Vinuesa desarrolla software de código fuente abierto para análisis de pan-genómica comparativa (GET_HOMOLOGUES) y filogenómica (GET_PHYLOMARKERS), ampliamente usados y citados por la comunidad de investigadores en genómica microbiana. Según Scopus, el Dr. Vinuesa ha publicado más de 60 trabajos científicos indexados, contando con > 2200 citas y un índice H de 25. Finalmente cabe destacar la intensa actividad docente desplegada por Pablo Vinuesa en el ámbito de las ciencias genómicas en México y el extranjero, desde el nivel de licenciatura (LCG-UNAM) y posgrado, a talleres de alta especialización, los cuales imparte regularmente. Su material docente está disponible públicamente en repositorios GitHub. Pueden consultar los detalles en las siguientes ligas:
Homepage: http://www.ccg.unam.mx/~vinuesa/
Repositorios GitHub: https://github.com/vinuesa
Twitter: @pvinmex

Sonia Dávila

UAEM

Cursó la carrera de Biología en la UNAM, realizó su tesis de licenciatura, maestría y doctorado en la UNAM sobre estudios evolutivos. Al finalizar la etapa formativa realizó una estancia posdoctoral en la Universidad de Lieja, Bélgica. A su regreso realizó otra estancia posdoctoral en el INSP sobre vacunología reversa. En particular, su experiencia académica se centra en el campo de la Genómica Evolutiva mediante el análisis in silico de secuencias tanto de organismos bacterianos, como de organismos superiores. En los últimos años formó parte de WG empresa mexicana que realiza análisis bioinformáticos. Actualmente se encuentra adscrita al Centro de Investigación sobre Dinámica Celular de la UAEM, para la realización de proyectos relacionados con el análisis de viromas utilizando estrategias metagenómicas.

Alicia Mastretta-Yanes

CONABIO

Biología, Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM), México (2004-2009). Asesor: Daniel Piñero. Asistente de investigación, Natura y Ecosistemas Mexicanos, México (2008-2010). Doctorado, University of East Anglia (UEA), UK (2010-2014). Asesor: Brent Emerson ACTUALMENTE: Catedrática CONACYT asignada a Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (CONABIO), México (2015 – presente).

Magadalena Zarowiecki

GENOMICS ENGLAND

Dr. Magdalena Zarowiecki’s research interests are tropical diseases, focusing on genomics of parasitic flatworms, where she does genome assembly, annotation and bioinformatics analysis. She uses high-throughput approaches including RNAseq, gene-prediction and microRNA-studies to increase the biological depth of platyhelminth genome annotations. She is also interested in genome and transcriptome assembly, comparative RNA-Seq, prediction of alternative splicing and the evolution of drug resistance

Dra. Alejandra Medina

UNAM

La Dra. Alejandra Medina obtuvo su doctorado en el 2012 en el Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas en la Universidad Nacional Autónoma de México, con un proyecto desarrollado en co-tutela entre el Doctor Collado, en la UNAM, y el Dr. van Helden en la Université libre de Bruxelles. Desde su proyecto de doctorado, Alejandra se ha enfocado en el desarrollo de herramientas bioinformáticas para análisis de datos genéticos. Durante su posdoctorado en el grupo del Dr. Wilson en The Hospital for Sick Children en Toronto, se enfocó en el estudio variantes genéticas implicadas en enfermedades complejas. Actualmente, es investigadora en el Laboratorio Internacional de Investigación sobre el Genoma Humano en la UNAM, la investigación de su grupo se enfoca en la complementación de estudios de asociación genética usando datos de genómica funcional, con el objetivo de identificar variantes genéticas que ocasionan fallas en la regulación de la expresión de genes.

Dra. E. Ernestina Godoy Lozano

Centro de Investigación Sobre Enfermedades Infecciosas

Egresada de la carrera de Químico Farmaco-Biólogo de la facultad de Ciencias Químicas de la Universidad Autónoma de San Luis Potosí. Realizó su maestría en Ciencias Biomédicas Básicas en la facultad de medicina de la Universidad Autónoma de San Luis Potosí. Cuenta con el Doctorado en Ciencias en la Salud Pública con área de concentración en Enfermedades Infecciosas del Instituto Nacional de Salud Pública. Durante el doctorado realizó una estancia pre-Doctoral en la compañía Integral Molecular ubicada en Filadelfia, USA. Y como parte de su tesis doctoral estuvo involucrada en la creación de un software bioinformático capaz de analizar secuencias de anticuerpos obtenidas por medio de secuenciación masiva (Secuencias de 454 FLX Titanium y de Illumina Miseq).

Al finalizar el doctorado trabajó en el Centro Nacional de Servicios de Constatación en Salud Animal (CENAPA) del Servicio Nacional de Sanidad, Inocuidad y Calidad Agroalimentaria de SAGARPA, para coordinar el análisis bioinformático de secuencias generadas por métodos de secuenciación masiva de alta resolución de enfermedades que afectan la salud animal, acuícola y pesquera e inocuidad agroalimentaria para la caracterización genética e investigación de organismos patógenos

Realizó una estancia post-doctoral en el Instituto de Biotecnología de la Universidad Nacional Autónoma de México en el Consorcio de Investigación del Golfo de México (CIGoM), en donde se encargaba de la comparación y desarrollo de métodos de asignación taxonómica basados en amplicones del gen ribosomal 16S y datos de secuenciación Whole Metagenome Shotgun, anotación taxonómica y funcional de metagenomas y de genomas de cepas puras, desarrollo de software para la implementación de un pipeline de ensamble y anotación taxonómica de genomas de aislados bacterianos y de la administración del cluster de CIGoM.

Actualmente es SNI-1 y es la jefa de la unidad de Bioinformática en Enfermedades Infecciosas que de apoyo transversal al Centro de Investigación Sobre Enfermedades Infecciosas.